L'Office Togolais des Recettes est organisé autour d'un Commissariat Général et de trois Commissariats spécialisés :
**Commissariat Général (CG)**
Direction stratégique et coordination de l'ensemble des activités de l'OTR.
Commissaire Général : Chantal Yawa-Djigbodi TSEGAN
**Commissariat des Impôts (CI)**
Responsable de la collecte des impôts et taxes intérieurs.
**Commissariat des Douanes et Droits Indirects (CDDI)**
Responsable des opérations douanières et du contrôle aux frontières.
**Commissariat des Services Généraux (CSG)**
Responsable des ressources humaines, de la logistique et des systèmes d'information.
**Direction du Cadastre, Conservation Foncière et Enregistrement (DCCFE)**
Responsable de la gestion foncière et cadastrale.